※あまりうまく行かないので検証が必要
まず、前に書いたサイトや管理画面含めて全部にかける方法。
これに関連して、管理画面(wp-admin)だけにbasic認証をかける方法です。

ここまでは前と同じです。
フォルダの中の構成をこういう感じにします。

一番上の階層のindex.phpは前のものから中身の変更は無いです。
次に、/wp-admin/の中。

まず、.htaccess。
<Files ~ "^\.(htaccess|htpasswd)$">
deny from all
</Files>
Options -Indexes
AuthUserFile /home/サイトのパス/hoge/wp-admin/.htpasswd
AuthGroupFile /dev/null
AuthName "Please enter your ID and password"
AuthType Basic
require valid-user
order deny,allow
wp-admin/が追加になってますね。
.htpasswdは変更無いです。
次にindex.php
<?php
/**
* Front to the WordPress application. This file doesn't do anything, but loads
* wp-blog-header.php which does and tells WordPress to load the theme.
*
* @package WordPress
*/
/**
* Tells WordPress to load the WordPress theme and output it.
*
* @var bool
*/
define('WP_USE_THEMES', true);
/** Loads the WordPress Environment and Template */
require( dirname( __FILE__ ) . '/../../wp-blog-header.php' );
階層が一個下がるので、../を追加してあげてください。
これでwp-adminだけにbasic認証が付きますよ。
セキュアです。